دبیرستان دانشگاه شعبه چابهار در سال ۱۳۷۵ بعنوان شعبه ای از دبیرستان دانشگاه سیستان و بلوچستان شروع بکار نمود و از شهرستانهای ایرانشهر، چابهار و نیکشهر در دو رشته ریاضی فیزیک و علوم تجربی دانش آموز پسرپذیرش نمود. در سال ۱۳۸۲ پذیرش دانش آموز دختر شروع گردید. در سال 1385 با منفک شده مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی چابهار از دانشگاه سیستان و بلوچستان، مرکز پیش دانشگاهی پسرانه و دخترانه در چابهار شروع بکار نمود.

 هم اکنون دبیرستان دانشگاه چابهار از ۶ منطقه آموزشی چابهار، کنارک، دشتیاری، نیکشهر، قصرقند و بنت در دو رشته ریاضی فیزیک، علوم تجربی پسر و دختر پذیرش می نماید. کلاس های کلیه مناطق در مجتمع اموزشی دانشگاه دریانوردی چابهار برگزار می شود.